Por ser el lugar de residencia del superior de los misioneros jesuitas, Yapeyú tuvo situación privilegiada entre todos los pueblos destinados a reunir a los indios reducidos e incorporados plenamente a las formas de convivencia propias de lacivilización cristiana. Pero por su privilegiada situación geográfica fue el blanco de las asechanzas de los portugueses y de las hordas de indígenas de yaros, minuanes y charrúas, que alentados por los primeros saqueaban las estancias, robando ganados, y destruyendo las sementeras. Por esto los pobladores debieron en muchas ocasiones tomar las armas para escarmentar a los invasores y así impedir la pérdida de vidas humanas y de importantes riquezas materiales.
En julio de 1768, y dándose así cumplimiento a lo dispuesto por la real cédula firmada por Carlos III el 27 de febrero de 1767, los jesuitas eran expulsados de Yapeyú, hasta donde llegó para ejecutar la orden -una orden que sería repudiada y resistida por muchos vasallos del rey Borbón- el gobernador Francisco de Bucarelli y Ursúa. "En julio de 1768 los jesuitas eran expulsados de Yapeyú..."Idos los jesuitas -esos misioneros que, junto con las verdades evangélicas, enseñaron concomitantemente a los indios a amar el trabajo y a defender con su libertad la independencia del suelo patrio-, pronto el desorden se generalizó en las reducciones, como lo testimonió Juan José de Vértiz al afirmar en un memorial dirigido al monarca que los indios "se entregaron a la matanza de ganados para alimentarse sin término ni medida, no atendiendo ya sus telares, siembras y otros trabajos establecidos, y lo que antes se llevaba y gobernaba por unas muy escrupulosas reglas se redujo a confusión y trastorno".
Juan de San Martín
Reemplazado Bucarelli en 1770 por Vértiz (entonces en el ejercicio de la gobernación del Río de la Plata), el nuevo mandatario designó en 1774 por teniente gobernador de Yapeyú al mayor Juan de San Martín, oficial que había llegado América en 1765 y que desde 1767 administraba una vasta hacienda, la Estancia y Calera de las Vacas, en la Banda Oriental, también propiedad de los jesuitas.

Mientras don Juan de San Martín se entregaba a la atención del cargo que se le había confiado, Gregoria Matorras vivía en Yapeyú dedicada a la crianza de sus cinco hijos, el menor de los cuales era José Francisco, nacido allí, el 25 de febrero de 1778.
Por: Mayochi, Enrique Mario. El solar nativo. En www.sanmartiniano.gov.ar
El Libertador José de San Martín Instituto Nacional Sanmartiniano. Buenos Aires, 1995.